一月，国民党顽固派发动“皖南事变”，围攻新四军军部及所属部队，掀起第二次反共高潮。薛岳在湖南也疯狂反共，大肆进行清查异党活动。数月内，湘潭、衡阳、邵阳、常德、益阳等县被捕的中共党员、进步群众及其家属达三千多人，邵阳、岳阳、湘阴、溆浦、辰溪、沅陵、凤凰、沅江、桃源、兰田、新化、耒阳、郴县等地党组织被破坏，县委负责人余可嘉、彭柏林、曾福春、翟根甲、易鹤鸣、王俊恒、刁牧夫、李树直、李西檀、秦光、胡丙勋、田中云等惨遭杀害。在白色恐怖下，上层进步人士大多流散，与共产党失去联系。
五月八日，中共中央发出《关于大后方党组织的工作的指示》，对国民党统治区的党的工作作出具体规定。二十六日，中共中央又发出《关于隐蔽和撤退国民党统治区党的力量的指示》，督促各地党组织坚决执行长期埋伏，积蓄力量，等待时机的方针。二十九日，中共中央宣传部发出《关于国民党统治区域内党的支部教育的指示》，强调要加强策略思想和纪律的教育。中共湖南省委贯彻上述指示，进一步做好隐蔽、撤退和教育工作，将袁德胜、毛达恂等撤往重庆。
五、六月间，中共湘鄂边特委建立南（县）安（乡）澧（县）中心昱委，书记李镇（李寿慈）。八月，政为安乡县委，书记蔡振万（蔡元农），代管常德、南县边界的党组织。一九四三年冬，蔡振万调走，县委逐渐停止活动。
八月二日，中共湘南特委书记周礼向中共中央南方局书面报告，特委与中共南方工作委员会失去联系，复归湖南省委领导。根据形势的变化，特委提出：动员全体党员在群众中公开揭露国民党顽固派的反共阴谋，团结小资产阶级，争取中间势力的同情与支持，力争工作条件好转。特委经过整顿，党员由过去的一千二百多人减为一百一十九人，分为十二个支部。此时，耒阳、郴县、桂阳、宜章、衡山、祁阳等六县有党的组织，资兴、桂东、常宁、汝城等地党组织与特委失去联系。
十二月八日，太平洋战争爆发。美国、英国对日本宣战，国民党政府也正式对日宣战。九日，中共中央发出关于太平洋反日统一战线的指示。周礼由重庆回湖南，传达贯彻电央指示和南方局部署。
十二月，中共中央南方局在重呋召开所属各省党的负责人会议，总结两年来的经验教训，部署今后工作。高文华代表湖南省委出席。会议提出：要建设坚强的战斗的西南党组织，党的领导机关要善于估计形势，熟悉国民党统治区各方面的情况，运用策略，创造各种各样的工作方法，使上层工作与下层工作，公开工作与秘密工作，党外联系与党内联系有机地配合。稍后，周恩来针对国民党的高压政策和部分党员缺乏信心的情况，就隐蔽和精干问题，提出党员要勤业、勤学、勤交友，做到职业化、社会化、合法化。高文华赴重庆开会期问，由文士祯代理省委书记。