二月，中共湖南省委机关由衡阳迁湘潭。省委召开会议，根据中共中央关于精简党委组织机关的指示，决定从省委至县委，都减为三人。此时，因蔡书彬，郭光洲、任作民、帅孟奇已先后离湘，省委由高文华、王涛、聂洪钧三人组成，书记高文华。会议决定派周礼回湘南，担任湘南特委书记。会上制定了秘密工作条例，要求向党员干部进行保密教育和气节教育，严密地下工作组织，加强纪律。
二月二十四日，因国民党顽固派加紧反共，八路军驻湘通讯处工作人员撤往广西桂林，徐特立、王凌波仍留湖南坚持工作。八月，徐特立撤离湖南。九月，王凌波被国民党湖南省政府强押出境。
三月，中共湖南省委根据中共中央妇委会关于“使妇女工作有大的转变”的指示，设立妇女研究委员会，指导各地妇女工作。省委在许多县利用合法形式建立妇女组织，开展抗日宣传活动；并举办短期妇训班，培训妇女干部，使妇女工作推广到二十余县。
四月二十二日，中共中央书记处发出《关于湖南工作的指示》，指出：湖南党所处的政治环境必然向更坏的方向逆转，湖南党的工作的总方针是长期埋伏，积蓄力量，等待时机，湖南党在组织上和工作上要按照这一方针来一个彻底的转变。并指出：巩固党的组织是湖南党最急切的任务，为此必须加强党内阶级教育，自上而下的审查党的各级干部及党员，坚决撤退已经暴露的各级干部，停止在农民中发展党员。指示还要求省委在重要产业区域和农村中，建立短小精干的支部，注意培养基层支部的独立工作能力，特别着重于争取广大的中间分子。根据中共中央指示，中共湖南省委向各地组织作了进一步撤退、转移、隐蔽的部署，强调党员干部要职业化，扎根于各个行业中。
四月至五月，各中心县委、特委根据中共湖南省委关于党员干部职业化的指示，在常德、湘乡、衡阳、邵阳等地设立饭店、杂货店、织袜厂、制鞋厂、缝纫厂、纺纱厂等十几个商店和工厂。从省委成员至备级党的干部，都以行商、办工厂或其他职业为掩护，秘密从事党的地下工作。此时，隐蔽在各行业中的党员干部，在教育界、新闻界及地方保甲长或中层人士中团结了一些人，通过他们设法改进各县、区、乡的教育和地方政治，促进抗日活动的开展。
四月至五月，中共常益中心县委、湘宁中心县委为配合湘北抗日战争，通过党影响的地方实力派、开明绅士和学校教员，发动数万群众，在长沙、湘潭以北一带挖毁公路，阻挡日军的进攻。中共湖南省委并派县级干部三人到国民党第七十军李觉部游击训练班工作。
五月四日，中共中央发出《放手发展抗日力量，抵抗反共顽固派的进攻》的指示，强调中国共产党在国民党统治区域的方针，应和战争区域、敌后区域不同。六月五日，中共中央南方局为贯彻中央“五四”指示，要求各级党组织采取公开与秘密、合法与非法，上层与下层既相互区别又紧密配合的工作策略。中共湖南省委根据这些指示精神，对各地党组织的隐蔽情况进行调查，针对存在的问题，印发了《反对右倾的决定》，纠正了前段整顿中出现的错误倾向。同时，加强了对乡、保、甲长以及小地主、国民党党政军公务人员、地方武装的统战工作。
五月，中共湖南省委在湘潭召开会议，研究干部撤退问题，决定王涛撤离湖南，袁德胜调省委工作，毛达恂接任湘宁中心县委书记。
十月，国民党顽固派_在湘潭制造惨案，中共党员及进步人士郭熙、彭金华等八人惨遭枪杀。
十月，中共中央南方局决定成立中共南方工作委员会，统一领导广东、福建、江西、广西和湘南、香港等地区党的工作。次年春，南委在广东大埔正式成立，书记方方。湘南特委及其领导的十县党组织，衡阳中心县委及其领导的五县党组织都划给南委领导。
十一月，聂洪钧离湘，文士桢调中共湖南省委工作。此时，省委由高文华、袁德胜、文士祯三人组成。省委机关移至湘乡永丰镇（现属双峰），在艰险的环境中坚持工作。经过整顿，省委直接领导三个中心县委（湘宁、常益、邵阳），一个工委（湘西工委），共有党员九百人。至此，省委基本完成了干部撤退转移和组织整顿工作。
十一月，中共湘鄂西区委撤销后，成立中共湘鄂边特委，书记蔡书彬。特委领导湖南的南县、华容、安乡、常德、澧县和湖北的松滋、石首、公安、宜都等县党组织。公南特委随之撤销。
十二月三日，周恩来在重庆听取聂洪钧、宋濂关于湖南工作的汇报后，指出湖南省委目前的中心任务是巩固党的组织，要将湖南党组织放在最可信任的领导干部手中，实现这一中心任务的措施是：一、巩固省委内部及中心县委；二、坚决彻底肃清敌人在党内埋藏的内线；三、继续严格审查干部；四、经过审查的可靠的干部和党员，都要安排社会职业和可能的工作。根据周恩来的指示，省委对一些没有转移的干部进行了审查，对曾经自首、关系复杂及不起作用的党员停止了联系。