嘉靖三十六年(1557年),倭寇进犯乐清、瑞安、临海等地,戚继光率军前往救援,但因为道路隔绝而没有来得及,朝廷也因此不治戚继光的罪。而后,汪直余党作乱于岑港,戚继光与俞大猷两军会合,前往围攻。但很长时间都没有攻下来,于是朝廷将戚继光、俞大猷等人全部罢免,让其带罪杀敌。驻守在岑港的倭寇抵御不住戚继光与俞大猷的进攻,于是打算逃走。 嘉靖三十七年(1558年),倭寇造好了大船,准备驾船夜遁,俞大猷和戚继光趁机发动进攻,击沉倭寇大船,余党向闽南逃窜。 从岑港逃走的倭寇又在台州烧杀抢掠,给事中罗嘉宾等人弹劾戚继光故意放走岑港的倭寇,有通倭的嫌疑。正要准备治罪,戚继光却因平定汪直的功劳而复官,让戚继光守卫守台、金、严三郡。 戚继光到浙江赴任后,发现卫所的将士作战能力一般,而金华、义乌的人比较彪悍,于是戚继光前往招募了三千人,在戚继光的指导训练下,将其练成一支精锐的部队,后称“戚家军”。戚继光根据南方多沼泽的地理特点制定阵法,又给他的部队配备火器、兵械、战舰等装备,戚家军因此名闻天下。
嘉靖四十年(1561年),倭寇大举进攻桃渚、圻头等地,戚继光率军扼守桃渚,于龙山大破倭寇,戚继光一路追杀至雁门岭。倭寇遁走之后,趁虚袭击台州,戚继光一马当先手刃倭寇首领,余党走投无路,全部坠入瓜陵江淹死。而圻头倭寇竟又来侵犯台州,戚继光率军于仙居将其全歼。台州大捷后,戚继光官升三等。而后,闽、广一带的倭寇流入江西一带作乱,总督胡宗宪无法平定,于是让戚继光来增援,戚继光率军于上坊巢将其击破,倭寇奔走建宁,戚继光引军回浙江。
嘉靖四十一年(1562年),倭寇进犯福建,并联合福宁、连江等地的倭寇,先后攻陷寿宁、政和、宁德等地,从广东南澳方面侵略的倭寇联合福清、长乐的倭寇攻陷玄钟所,并进犯龙岩、松溪、大田、古田、莆田等地。 倭寇声势浩大,当地官军不敢进攻,于是胡宗宪传令让戚继光带兵剿贼。戚继光领命后引兵先进攻横屿,横屿四面水路险隘不易通行,戚继光命将士们每人手持一束稻草,填壕而进,大破横屿倭寇,斩首两千二百余级。而后,戚继光乘胜追击,杀至福清,捣毁牛田,端了倭寇巢穴。倭寇余党慌忙逃往兴化,戚继光也不停歇,一路狂追,又捣毁倭寇据点六十余营,斩首无数。 戚继光平定福建倭患后班师回浙江,行至福清,遇见少量倭寇从东营澳登入,戚继光率兵急攻,斩首两百人。经过几番战斗,闽广一带的倭寇几乎被戚继光杀光。
戚继光回到浙江后,从日本国本土而来的新的倭寇又伺机侵略,他们人数日益壮大以后,袭击兴化,但围攻了好几个月都没有攻下来。而此时刘显派了八个人带着书信到兴化传达信息,被倭寇拦杀,倭寇就换上刘显使者的服饰骗开城门,趁机攻陷了兴化城。 倭寇攻陷兴化后,刘显率兵逼近兴化,但因为兵少,刘显不敢擅自攻城,却因此被弹劾,背负罪名。 而福建总兵俞大猷也表示需要有大军合围。 嘉靖四十二年(1563年),朝廷以谭纶为右佥都御史、巡抚福建,前来支援,而都指挥欧阳深却中了倭寇埋伏搏战而死,倭寇遂占据平海卫。 四月,戚继光率领浙江兵前来支援。戚继光到后,谭纶立刻筹备对倭寇的总攻,先在各海道上环立栅栏阻断倭寇归路,而后谭纶以刘显为左军,俞大猷为右军,谭纶自领中军,以戚继光为先锋,围攻平海卫,一举告破,斩首两千余级,戚继光等率兵追击,倭寇道路不通,又被斩杀三千多人。于是刘显等光复兴化。朝廷以戚继光先前横屿大战,录前后战功,以戚继光为都督同知,世廕千户,代替俞大猷为总兵。
嘉靖四十三年(1564年)二月,倭寇余党纠合一万多人围攻仙游,打了三天,戚继光率兵前往解围,倭寇败走,戚继光率军追击,追至王仓坪,斩首百余级,不少人都坠于悬崖摔死。余党数千人逃走占据漳浦蔡丕岭。戚继光分五哨(古代军事编制单位)将士攀岩而上,与倭寇短兵相接,连俘带杀一百多人。 剩下的倭寇劫掠渔船逃到海上,而后侵扰福宁,戚继光率领李超等前往将其击败,又乘胜追至永宁,杀死三百多人。 同年,潮州倭寇聚众二万,与海盗吴平互为犄角之势劫掠潮州,俞大猷率兵杀败倭寇,并将吴平招降,让吴平驻扎在梅岭。 但不久之后,吴平纠合被明军击败的流散倭寇一万多人,伙同林道乾、曾一本先后在走马溪、泊浦澳登陆,洗劫南村堡和港口村。戚继光即刻率军前来围剿,吴平得知后放弃之前据守的梅岭,集合大船一百多艘,逃入南澳,并修筑大寨防御。 嘉靖四十四年(1565年),俞大猷率领水军,戚继光率领步兵,二人合力围剿吴平,吴平破败,孤身逃往凤凰山。
隆庆元年(1567年),给事中吴时来向明穆宗上疏,建议让戚继光、俞大猷等人训练蓟门一带的士兵。但朝议后决定只任命戚继光即可。于是朝廷任戚继光为神机营副将。当时谭纶刚刚在辽、蓟一带募集了三万步兵,又在浙江招募了三千士兵,请求让戚继光对其训练,得到了穆宗的许可。 隆庆二年(1568年),明穆宗让戚继光训练蓟州、昌平、保定等地的士兵,总兵官以下的官员都受戚继光的节制。 戚继光到任后,时蓟州有总兵郭琥,而戚继光为总理,无法统一号令,于是朝廷将郭琥调走,以戚继光为总兵官,镇守蓟州、永平、山海等地。又以戚继光前破吴平有功,进封为右都督。时北蛮子侵略青山口,戚继光引兵将其击退。 万历元年(1573年),北蛮小王子与董狐狸谋划进犯,向明朝廷索要赏赐遭到拒绝,于是二人在喜峰口烧杀抢掠,戚继光得知后率兵前往平乱,差点活捉董狐狸。同年夏,董狐狸侵略桃林,被戚继光击退。 而后董狐狸的侄子董长昂侵犯界岭,又被击败。董狐狸多次侵扰边境不但没有占到便宜,反而损失惨重,于是献关求赏,朝廷答应其按年给予赏赐。 万历二年(1574年),董长昂又入侵边境但无法从关口攻入,于是逼着他的叔父董长秃寇犯边境。戚继光领兵将其击败并活捉董长秃。董狐狸与董长昂率领宗族三百人来到戚继光关前请罪,董狐狸穿素服大哭请求赦免董长秃。戚继光与部下商议后决定接受其投降,董狐狸于是将劫掠的百姓放回,并发誓不再反叛。自此董狐狸与董长昂再也不敢侵犯蓟门。 不久,戚继光因守边功劳,升为左都督。 戚继光镇守的蓟门固若金汤,北蛮子无法攻入,于是转而进犯辽东,戚继光率兵增援,协助辽东守将李成梁将其击退。 朝廷封戚继光为太子太保,又进封少保。
万历十年(1582年),朝廷里内阁首辅张居正病逝,给事中张鼎思趁机上言戚继光不应该放在北方,于是戚继光被朝廷调往广东。 万历十三年(1585年),给事中张希皋再次弹劾戚继光,戚继光因此遭到罢免,回乡后病死。